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PROJET GB3 2002-2003
Etudiants: Violaine PINON
Guillaume CHAKROUN
Ali FECIRSU
Yann KERANGUVEN
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Résumé
Le projet a consisté à créer une base de données regroupant une liste de gènes, à partir de la banque Flybase (banque de séquence du génome de la drosophile drosophila melanogaster) et de la banque Wormbase (banque de séquence du génome du nématode Caenorhabditis elegans). Les gènes de cette liste sont retenus suivant un critère : la destination mitochondriale probable de la protéine codée. Celle-ci est estimée par la présence éventuelle dans sa partie Nter, d'une séquence d'adressage consensus à la mitochondrie. Le résultat obtenu apparaît sous la forme d'un score calculé grâce aux logiciels Mitop et/ou Psort qui indiquent une probabilité de destination mitochondriale de la protéine étudiée.Après avoir créer la base de données nous avons vérifié son fonctionnement avec des gènes dont la fonction cellulaire et l'adressage sont parfaitement identifiés. Nous avons alors obtenu des résultats tout à fait cohérents, c'est-à-dire que les gènes codant pour des protéines à destination mitochondriale (enzymes du cycle de Krebs par exemple) ont obtenu des scores importants à la fois sur Mitop et Psort.
Cette base de données permettra de choisir rapidement des gènes candidats à partir de la lise établie. Ils seront ensuite étudiés plus en détail au laboratoire. La base de données doit permettre un gain de temps considérable aux chercheurs qui s'intéressent à la biogenèse mitochondriale. A terme lutilisation de ce logiciel et de la base de données pourra être élargie à tous les organismes eucaryotes dont les génomes auront été séquencés.